Doktorand i växtbiologi inom funktionell genomik i barrträdInstitutionen för fysiologisk botanikInstitutionen för fysiologisk botanik vid Umeå universitet utlyser en doktorandanställning inom projektet Con-TEki, som undersöker rollen hos transposabla element (TEs) som drivkrafter för regulatorisk innovation i barrträd (gran och tall).Institutionen är en del av Umeå Plant Science Centre (UPSC; www.upsc.se), en internationellt ledande forskningsmiljö med cirka 200 forskare inom växtbiologi, inklusive molekylärbiologi, genomik, fysiologi och bioinformatik. UPSC erbjuder tillgång till avancerad infrastruktur för växttransformation, sekvensering, beräkningsanalys och avancerad mikroskopi i en starkt samarbetsinriktad och tvärvetenskaplig miljö.ProjektbeskrivningBarrträdsgenom är mycket stora och rika på transposabla element, men de funktionella konsekvenserna av TE-integrationer för genreglering är fortfarande dåligt förstådda. Con-TEki-projektet syftar till att förstå hur TE-härledda regulatoriska element bidrar till divergens i genuttryck och adaptiva responser i barrträd.Detta doktorandprojekt fokuserar på utveckling och implementering av metoder för funktionell validering av regulatoriska element i barrträdssystem. Arbetet kommer att integrera storskaliga regulatoriska genomikdata med experimentell molekylärbiologi för att direkt testa hypoteser genererade från genomdata.Projektet omfattar integration av genomdata (t.ex. kromatintillgänglighet, genuttryck och metyleringsdata) med experimentella metoder för att validera kandidatregulatoriska element och genregulatoriska mekanismer. Särskild vikt kommer att läggas vid att etablera robusta och reproducerbara arbetsflöden för funktionella analyser i gran och tall.Inom ramen för projektet ges goda möjligheter att utveckla kom…